【年末調整要対応】マイカー通勤手当「非課税限度額改正」タスクと注意点

こんにちは！開業社会保険労務士の岸本です。自動車やバイク、自転車などで通勤する従業員が受け取る通勤手当について、非課税限度額の引き上げが令和7年（2025年）11月20日に施行されました。

改正のポイントは、改正後の非課税限度額が令和7年4月1日以後に支払われた通勤手当にもさかのぼって適用されることになり、本年の年末調整で精算が必要となる点です。

本記事では、今年度の年末調整業務における実務上の注意点をご紹介します。

非課税限度額が改正された経緯

令和7年の8月7日に令和7年人事院勧告が行なわれ、令和7年4月1日以降の措置内容として勧告された「自動車などの交通用具使用者に対する通勤手当額の引き上げ」が、今回の改正のきっかけとなっています。

これは「自動車などを使用して通勤する国家公務員に対して、通勤手当の金額が引き上げられた」ものです。そして、金額変更に伴って一般企業で給与として支給されている「通勤手当の所得税法上における非課税限度額」についても、同じタイミングで改正がなされました。

今回の改正は「令和7年4月1日以降」に遡及適用されます。これは、国家公務員に対する制度が年度単位で整理されている側面もあり、同様に年度初めの4月1日を基準とした改正内容になったものと考えられます。

給与所得者に支給する通勤手当は、一定の限度額まで非課税です。自動車などで通勤する人に支給する場合、1か月当たりの限度額は、片道の通勤距離に応じて定められています。

令和7年11月20日に所得税法施行令の一部を改正する政令が施行され、通勤のために自動車やバイク、自転車などを使用する人に対して支給する通勤手当の非課税限度額が、以下の表のとおりに引き上げられました。

区分		課税されない金額
区分		改正後（令和7年4月1日以後適用）	改正前
①交通機関または有料道路を利用している人に支給する通勤手当		1か月当たりの合理的な運賃等の額（最高限度　150,000円）	同左
②自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当	通勤距離が片道55km以上である場合	38,700円	31,600円
	通勤距離が片道45km以上55km未満である場合	32,300円	28,000円
	通勤距離が片道35km以上45km未満である場合	25,900円	24,400円
	通勤距離が片道25km以上35km未満である場合	19,700円	18,700円
	通勤距離が片道15km以上25km未満である場合	13,500円	12,900円
	通勤距離が片道10km以上15km未満である場合	7,300円	7,100円
	通勤距離が片道2km以上10km未満である場合	4,200円	同左
	通勤距離が片道2km未満である場合	（全額課税）	同左
③交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券		1か月当たりの合理的な運賃等の額（最高限度　150,000円）	同左
④交通機関または有料道路を利与するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券		1か月当たりの合理的な運賃等の額と②の金額との合計額（最高限度　150,000円）	同左

改正後の非課税限度額は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます。なお、以下については、改正後の非課税限度額は適用されませんのでご注意ください。

改正後の非課税限度額を適用後に過納となる税額がある場合には、本年の年末調整で精算となります。すでに支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下であれば、精算の手続きは不要です。

また本年の中途に退職した従業員など、年末調整で精算する機会がない場合は、確定申告により精算となります。

年末調整での具体的な精算手続きは、次のとおりです。

改正前の非課税限度額で課税された通勤手当のうち、改正後の非課税限度額により新たに非課税となる金額を計算します。
「令和7年分給与所得に対する源泉徴収簿」の余白に「非課税となる通勤手当」と記載し、計算根拠と今回の改正により新たに非課税となった金額を記入します（ただし、正しく年調年税額が算出されているのであれば記載は省略可能）。